Het Bestuur van de Stichting Universiteit voor Islamitische Wetenschappen en Onderzoek is het hoogste orgaan binnen de organisatorische structuur van de IUR. Het Bestuur, met zijn leden met verschillende achtergronden en nationaliteiten, komt op een regelmatige basis samen eens om de twee maanden. Het Stichtingsbestuur heeft een toezichtorgaan. De leden van de Raad van Toezicht volgen het reilen en zeilen van de universiteit zeer nauw.

Hoofdtaken zijn onder andere:

- Besluitneming en verstrekking van of verandering van verordeningen betreffende het beleid en de organisatie van de Universiteit
- Benoeming, opschorting en verwerping van onderwijzend en niet-onderwijzend personeel
- Financiële ondersteuning en organisatie van de structuur van de financiën
- Beleid en bestuur van de gehele Universiteit
- Ondersteuning van het College van Bestuur
- Goedkeuring van de documenten van beleid en bestuur, jaarlijkse plan van de Universiteit
- Goedkeuring van jaarlijks rapport, personeelsbeleid, begroting, en besluiten van het medebestuur