Om het onderzoek te stimuleren heeft de IUR een Onderzoeksinstituut ingesteld. Dit instituut heeft tot doel  het onderzoeksbeleid van de universiteit te ontwikkelen, uit te voeren en te coördineren. Het houdt toezicht op en geeft advies over de uitvoering van de onderzoeksactiviteiten aan de instelling.
Momenteel wordt onderzoek verricht op de volgende terreinen:
- beleidsonderzoek (de islam in een minderheidssituatie, de status en functie van imams in een niet-moslimland);
- juridisch onderzoek (Islam en mensenrechten, offerfestiviteiten tussen islamitische en Europese wetsverordeningen, en de interpretatie van islamitische regels in niet-moslimlanden);
- institutioneel/organisatorisch onderzoek (het schoolsucces van kinderen met een islamitische achtergrond en de functie van moskeeën in Nederland);
- geschiedkundig en kunsthistorisch onderzoek (islamitische kalligrafie in Europa en relaties tussen Nederland en het Ottomaanse rijk);
- methodologie.